해당 교회가 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는 경우는 해당 단체를 개인으로 보아 교회를 1거주자로 본다. 따사서 해당 교회의 토지나 건물의 양도로 인해 발생하는 소득은 양도소득세가 과세된다.
교회가 법인으로 보는 단체에 해당하는 경우는 고정자산 양도에 대해 별도로 양도소득세가 과세되지 않으므로 법인세 과세표준 신고시에 포함하여 신고하면 된다. 단 해당 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 것이라면 과세소득에서 제외되는 것이다.
▶공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 않은 것은 법인으로 보는 것이나 재단법인인 종교단체와 회계등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회라면 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보아 양도소득세를 과세한다.
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